Sáng ngày 30 tháng 6 năm 2016, tại Kỳ họp thứ nhất Hội đồng nhân dân tỉnh Quảng Ngãi khóa 12 nhiệm kỳ 2016-2021, Bùi Thị Quỳnh Vân được bầu giữ chức vụ Chủ tịch Hội đồng nhân dân tỉnh Quảng Ngãi nhiệm kỳ 2016-2021. Lúc này bà là Ủy viên Dự khuyết Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam, Trưởng Ban Dân vận Tỉnh ủy Quảng Ngãi, Bí thư Huyện ủy Lý Sơn.[1]

Bà hiện là Ủy viên dự khuyết Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khoá XII, Phó Bí thư Thường trực Tỉnh uỷ, Chủ tịch HĐND tỉnh Quảng Ngãi.

Ngoài ra, bà cũng từng giữ chức vụ Phó Bí thư, Bí thư Tỉnh đoàn Quảng Ngãi, Bí thư Huyện ủy Tư Nghĩa, Bí thư Huyện ủy Lý Sơn, Trưởng ban Dân vận Tỉnh ủy Quảng Ngãi

Chiều 18-4-2019, tại Hội nghị lần thứ 15 Ban Chấp hành Đảng bộ Tỉnh Quảng Ngãi khóa 19 đã được tổ chức với nhiều nội dung quan trọng, trong đó có công tác cán bộ. Tại hội nghị, với tỷ lệ 43/43 phiếu tín nhiệm, đồng chí Bùi Thị Quỳnh Vân, Ủy viên dự khuyết T.Ư Đảng, Chủ tịch HĐND tỉnh Quảng Ngãi, nhiệm kỳ 2016 - 2021, được bầu giữ chức Phó Bí thư Tỉnh ủy Quảng Ngãi nhiệm kỳ 2015 - 2020, thay đồng chí Nguyễn Thanh Quang nghỉ hưu theo chế độ.

Ngày 15 tháng 5 năm 2019, Tại hội nghị, thừa ủy quyền của Ban Bí thư Trung ương Đảng, Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Tỉnh ủy Lê Viết Chữ đã trao Quyết định số 1197-QĐNS/TW ngày 06/5/2019 của Bộ Ch​ính trị về chuẩn y đồng chí Bùi Thị Quỳnh Vân - Ủy viên dự khuyết Trung ương Đảng, Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy, Chủ tịch HĐND tỉnh giữ chức Phó Bí thư Thường trực Tỉnh ủy, nhiệm kỳ 2015 -2020.